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Enregistrement W4385829338 · doi:10.1101/2023.08.13.553137

<i>Meteora sporadica</i> , a protist with incredible cell architecture, is related to Hemimastigophora

2023· preprint· en· W4385829338 sur OpenAlexafffund
Yana Eglit, Takashi Shiratori, Jon Jerlström-Hultqvist, Kelsey Williamson, Andrew J. Roger, Ken‐ichiro Ishida, Alastair G. B. Simpson

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtist diversity and phylogeny
Établissements canadiensUniversity of VictoriaDalhousie University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaJapan Society for the Promotion of ScienceDalhousie University
Mots-clésProtistBiologyEvolutionary biologyDinoflagellatePhylogenetic treeEukaryoteRibosomal RNAFlagellumAxonemeGenomeGeneGeneticsBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary ‘Kingdom-level’ branches are being added to the tree of eukaryotes at a rate approaching one per year, with no signs of slowing down 1–4 . Some are completely new discoveries, while others are morphologically unusual protists that were previously described but lacked molecular data. For example, Hemimastigophora are predatory protists with two rows of flagella that were known since the 19 th century, but proved to represent a new deep-branching eukaryote lineage when phylogenomic analyses were conducted 2 . Meteora sporadica Hausmann et al. 2002 5 is a protist with a unique morphology and motility; cells glide over substrates along a long axis of anterior and posterior projections, and have a pair of lateral ‘arms’ that swing back and forth. Originally, Meteora was described by light microscopy only, from a short-term enrichment of deep-sea sediment. A small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) sequence was reported recently, but the phylogenetic placement of Meteora remained unresolved 6 . Here, we investigated two cultivated Meteora sporadica isolates in detail. Transmission electron microscopy showed that the anterior-posterior projections are supported by microtubules originating from a cluster of subnuclear MTOCs. Likewise, the arms are supported by microtubules, and neither have a flagellar axoneme-like structure. Sequencing the mitochondrial genome showed this to be amongst the most gene-rich known, outside jakobids. Remarkably, phylogenomic analyses of 254 nuclear protein-coding genes robustly support a close relationship with Hemimastigophora. Our study suggests that Meteora and Hemimastigophora together represent a morphologically diverse ‘supergroup’, and thus are important for resolving the tree of eukaryote life and early eukaryote evolution.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,198
Écart entre enseignants0,189 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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