Abstract B010: Germline susceptibility to renal cell carcinoma and implications for genetic screening
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Genetic susceptibility to renal cell carcinoma (RCC) remains poorly understood and limited to specific hereditary cancer syndromes. Whereas few studies have investigated rare germline variants in specific populations, the majority of them have not taken into account differences between histological subtypes of RCC. Objective: To identify common risk-genes for RCC within the Canadian population, investigate their association to clinical annotations and outcomes, and compare gene-burden among RCC patients from various countries. Methods: We conducted targeted DNA sequencing of 19 RCC-related and 27 cancer predisposition genes for 960 RCC patients (759 with clear cell and 201 with non-clear cell RCC) from Canada. We identified genes enriched in rare germline pathogenic variants (PVs) in RCC compared to a cancer-free control population (gnomAD, n=118148). Gene associations to RCC subtypes and clinical annotations were examined using Firth’s logistic regression models and Fisher’s exact tests, respectively. In addition, we compared prevalence of PVs in Canadian patients to those in previous studies from Japan (n=1632), the UK (n=1336) and the USA (n=254). Furthermore, we evaluated the performance of current criteria for RCC genetic screening for including patients with PVs in Canada, the US, and the UK. Results: We identified 39 germline PVs in 56 RCC patients from the Canadian cohort. Compared to cancer-free controls, PVs in MITF (OR: 212.3, 95% CI: 4.0-6.8, p= 1.44 × 10−9), CHEK2 (OR: 4.8, 95% CI: 1.0-2.1, p=3.94 × 10−5), and ATM (OR: 4.5, 95% CI: 0.7-2.2, p=0.016) genes were significantly enriched in patients with clear cell RCC, whereas PVs in FH (OR: 215.1, 95% CI: 4.2-6.4, p=6.14 × 10−9) were enriched in patients with non-clear cell RCC. We observed an association between PVs in DNA repair genes BRCA1, BRCA2 and ATM with the presence of metastasis in ccRCC (p=0.004) and RCC overall (p=0.003). Comparisons of gene-burden to other populations showed an enrichment for TP53 in RCC patients from Japan, while RCC patients from Canada showed an enrichment for CHEK2 and ATM. RCC patients from the US showed an enrichment for germline PVs in FH in comparison to Canadians. Notably, our analysis reveals that current criteria for referral to genetic screening for hereditary renal cancer fail to include the majority (73%) of patients harboring rare germline PVs in risk genes for RCC, both in Canada and globally. Conclusions: MITF, CHEK2, ATM, and FH were identified as risk-genes for RCC within the Canadian population, while germline mutations in BRCA1/2 and ATM are associated with risk of metastasis. Globally, clinical guidelines for genetic screening in RCC fail to identify up to 80% of patients with rare germline PVs. Citation Format: Kate I. Glennon, Mikiko Endo, Yoshiaki Usui, Yusuke Iwasaki, Rodney H. Breau, Anil Kapoor, Simon Tanguay, Yukihide Momozawa, Yasser Riazalhosseini. Germline susceptibility to renal cell carcinoma and implications for genetic screening [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference: Advances in Kidney Cancer Research; 2023 Jun 24-27; Austin, Texas. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2023;83(16 Suppl):Abstract nr B010.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».