Anti-parasitic drug discovery against Babesia microti by natural compounds: an extensive computational drug design approach
Notice bibliographique
Résumé
Tick-borne Babesiosis is a parasitic infection caused by Babesia microti that can infect both animals and humans and may spread by tick, blood transfusions, and organ transplantation. The current therapeutic options for B. microti are limited, and drug resistance is a concern. This study proposes using computational drug design approaches to find and design an effective drug against B. microti . The study investigated the potentiality of nine natural compounds against the pathogenic human B. microti parasite and identified Vasicinone and Evodiamine as the most promising drugs. The ligand structures were optimized using density functional theory, molecular docking, molecular dynamics simulations, quantum mechanics such as HOMO–LUMO, drug-likeness and theoretical absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET), and pharmacokinetics characteristics performed. The results showed that Vasicinone (−8.6 kcal/mol and −7.8 kcal/mol) and Evodiamine (−8.7 kcal/mol and −8.5 kcal/mol) had the highest binding energy and anti-parasitic activity against B. microti lactate dehydrogenase and B. microti lactate dehydrogenase apo form. The strongest binding energy was reported by Vasicinone and Evodiamine; the compounds were evaluated through molecular dynamics simulation at 100 ns, and their stability when they form complexes with the targeted receptors was determined. Finally, the pkCSM web server is employed to predict the ADMET qualities of specific molecules, which can help prevent negative effects that arise from taking the treatment. The SwissADME web server is used to assess the Lipinski rule of five and drug-likeness properties including topological polar surface area and bioavailability. The Lipinski rule is used to estimate significant drug-likeness. The theoretical pharmacokinetics analysis and drug-likeness of the selected compounds are confirmed to be accepted by the Lipinski rule and have better ADMET features. Thus, to confirm their experimental value, these mentioned molecules should be suggested to carry out in wet lab, pre-clinical, and clinical levels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».