Comparison of MHG and DZsig reveals shared biology and a core overlap group with inferior prognosis in DLBCL
Notice bibliographique
Résumé
Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) is a heterogeneous disease identified by morphology, immunophenotype, and a typically aggressive clinical course.1 DLBCL has long been stratified based on gene expression profiling (GEP) into activated B-cell–like (ABC) and germinal center B-cell–like (GCB) cell-of-origin (COO) subtypes.2 Recently, several studies stratified DLBCL into genetic subgroups based on the co-occurrence of mutational features with strong associations with COO.3-6 Previously, our 2 groups independently reported gene expression signatures associated with dark-zone–like biology in DLBCL. The molecular high-grade signature (MHG) identifies DLBCLs expressing a Burkitt lymphoma (BL)-like GEP signature,7 whereas the double-hit signature (since renamed dark-zone signature [DZsig]8) identifies DLBCLs with a GEP signature like high-grade B-cell lymphoma with MYC and BCL2 rearrangement (HGBCL-DH-BCL2) (whether the tumors harbor MYC and BCL2 rearrangements or not).9,10 Remarkably, despite the small overlap in the genes that comprise each signature, both classifiers identified a subset of DLBCL tumors enriched for certain genetic aberrations, including concomitant MYC and BCL2 rearrangements.7,9 Here, we present analyses that directly compare MHG and DZsig classifications applied to the same data sets, demonstrating that most tumors positive for 1 signature are positive for both. We evaluated the agreement between the 2 scores in several cohorts and investigated the association of the group of tumors positive for both signatures, “DZSig&MHG,” with outcome. Finally, we compared the mutation frequencies in tumors positive for 1 or both signatures and their association with 2 DLBCL genetic subgroup classifications. Our results demonstrate a clear biological similarity between the DZsig and MHG classifications and strong associations with the EZB genetic subgroup. All data used in this study were generated as part of studies reviewed and approved by the institutional review boards at each site, in accordance with the Declaration of Helsinki. GEP matrices were obtained for 3 cohorts: REMoDL-B (N = 928; Illumina DASL),7,11 Hematologic Malignancy Diagnostic Service (HMDS) (N = 1024; Illumina DASL),12 and DLC (N = 304; polyAselected RNAseq) (supplemental Tables 1-2).9 MHG classifications were generated for each data set using the BDC classifier.13 DZsig classification was performed using the PRPS-ST classifier.14 We
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| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Observationnel | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Observationnel | low |
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».