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Enregistrement W4386026520 · doi:10.1101/cshperspect.a041418

Cholesterol, Eukaryotic Lipid Domains, and an Evolutionary Perspective of Transmembrane Signaling

2023· review· en· W4386026520 sur OpenAlexafffund
Yan Shi, Hefei Ruan, Yanni Xu, Chunlin Zou

Notice bibliographique

RevueCold Spring Harbor Perspectives in Biology · 2023
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLipid Membrane Structure and Behavior
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchTsinghua UniversityNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésBeijingChinese academy of sciencesBiologyChinaBiological sciencesMedical schoolLibrary scienceComputational biologyMedical educationMedicinePolitical science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Transmembrane signaling is essential for complex life forms.Communication across a bilayer lipid barrier is elaborately organized to convey precision and to fine-tune strength.Looking back, the steps that it has taken to enable this seemingly mundane errand are breathtaking, and with our survivorship bias, Darwinian.While this review is to discuss eukaryotic membranes in biological functions for coherence and theoretical footing, we are obliged to follow the evolution of the biological membrane through time.Such a visit is necessary for our hypothesis that constraints posited on cellular functions are mainly via the biomembrane, and relaxation thereof in favor of a coordinating membrane environment is the molecular basis for the development of highly specialized cellular activities, among them transmembrane signaling.We discuss the obligatory paths that have led to eukaryotic membrane formation, its intrinsic ability to signal, and how it set up the platform for later integration of protein-based receptor activation. THE EVOLUTIONARY ORIGIN OF THE EUKARYOTIC MEMBRANELipids Coming of Age P hospholipids are the basic ingredient of bio- logical membranes, usually with a glycerol core, two acyl tails at sn-1 and sn-2 positions, and an sn-3 phosphate.Archaeal lipids use snglycerol-1-phosphate, in contrast to eubacterial and eukaryotic lipids (Koga 2011).In addition, archaeal lipids contain isoprenoid tails attached to glycerol via an ether rather than an ester bond, and some longer phytanyl chains are capped with glycerol at both ends to create a monolayer in place of the bilayer (De Rosa et al. 1983).The stable ether bond and highly branched isoprenoid chains are densely packed, permitting adaptations to extreme environments, and are hence preferred by extremophile archaea (Albers et al. 2000).Ether lipids are mostly absent in eubacteria and eukaryotes.This is known as the lipid divide (Fig. 1; Koga 2014; Mencía 2020).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,336
Écart entre enseignants0,307 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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