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Enregistrement W4386056076 · doi:10.1101/2023.08.22.554120

Controlling biases in targeted plant removal experiments

2023· preprint· en· W4386056076 sur OpenAlexaff
Sylvain Monteux, Gesche Blume‐Werry, Konstantin Gavazov, Leah Kirchhoff, Eveline J. Krab, Signe Lett, Emily Pickering Pedersen, Maria Väisänen

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueEcology and Vegetation Dynamics Studies
Établissements canadiensImpact
Organismes subventionnairesWaldemar von Frenckells StiftelseSwiss Polar InstituteOulun YliopistoOskar Öflunds StiftelseAcademy of FinlandHelge Ax:son Johnsons StiftelsePolarforskningssekretariatetSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Science Foundation
Mots-clésProxy (statistics)EcosystemFlexibility (engineering)Biomass (ecology)Statistical powerComputer scienceScope (computer science)EconometricsStatisticsEnvironmental scienceEcologyMathematicsBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Targeted removal experiments are a powerful tool to assess the effects of plant species or (functional) groups on ecosystem functions. However, removing plant biomass in itself can bias the observed responses. This bias is commonly addressed by waiting until ecosystem recovery, but this is inherently based on unverified proxies or anecdotal evidence. Statistical control methods are efficient, but restricted in scope by underlying assumptions. We propose accounting for such biases within the experimental design, using a gradient of biomass removal controls. We demonstrate the relevance of this design by presenting i) conceptual examples of suspected biases and ii) how to observe and control for these biases. Using data from a mycorrhizal association-based removal experiment we show that ignoring biomass removal biases (including by assuming ecosystem recovery) can lead to incorrect, or even contrary conclusions (e.g., false positive and false negative). Our gradient design can prevent such incorrect interpretations, whether aboveground biomass has fully recovered or not. Our approach provides more objective and quantitative insights, independently assessed for each variable, than using a proxy to assume ecosystem recovery. Our approach circumvents the strict statistical assumptions of e.g. ANCOVA and thus offers greater flexibility in data analysis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,023
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,034
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,023
Score d'incertitude au seuil0,123

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0230,034
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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