Multigene phylogeny of the order <i>Physarales</i> (<i>Myxomycetes</i>, <i> Amoebozoa</i>): shedding light on the dark-spored clade
Notice bibliographique
Résumé
The class Myxomycetes consists of free-living protists characterised by their complex life cycle, which includes both microscopic (amoebae, flagellates and cists) and macroscopic stages (spore-bearing fruiting bodies, sclerotia, andplasmodia). Withinit, theorder Physarales , with more than 450 recognised species, constitutes the largest group. Although previous studies have shown the polyphyly of some of the traditionally accepted genera, its internal phylogenetic relationships have remained uncertain so far, and together with the lack of data for some keyspecies, itprevented any taxonomic and nomenclatural revisions. We have compiled a substantially expanded data setinterms of both taxon sampling and molecular data, including most of the genera described to date and four unlinked DNA regions, for which we provide partial sequences: nSSU, EF-1α , α-Tub , and mtSSU, analysed through maximum likelihood and Bayesian methods. Our results confirm that the family Didymiaceae is paraphyletic to the rest of Physarales . Within Didymiaceae s. lat., the recent reinstatement of the genus Polyschismium for most species traditionally ascribed to Lepidoderma , except for the type (Ronikieretal.2022), is further supported here, as well as the definite inclusion of the genus Mucilago in Didymium and Lepidoderma s. str.( L. tigrinum ) in Diderma (Prikhodkoetal.2023). Additionally, thegenus Diachea is redefined to include some species previously treated in Physaraceae ( Craterium spp. with true columella). Within the monophyletic family Physaraceae , most genera are recovered as polyphyletic, suggesting that they should be no longer accepted as currently defined. However, the lack of resolution of some relationships within Physaraceae prevents us from resuscitating or creating several new genera to mitigate polyphyly. Among the well-defined groups with clear molecular signatures, we propose two taxonomic and nomenclatural changes at generic level:1) a new genus, Nannengaella , is proposed for a major clade containing Physarum globuliferum and other species with heavily calcified sporophores and, often, a true calcareous columella;2) Lignydium is resurrected for the clade containing Fuligo muscorum . Additionally, Trichamphora is suggested as the correct name for the clade containing Physarum pezizoideum . The taxonomy and nomenclature of some provisional genera, currently synonymous with Fuligo and Physarum , are disentangled, and we provide a comprehensive and updated nomenclatural conspectus that can be used when better resolved phylogenies are obtained. In total, 22 new combinations are proposed in different genera. Aprovisional key to the genera of the order is also provided.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».