Monkeypox genome mutation analysis using a timeseries model based on long short-term memory
Notice bibliographique
Résumé
Monkeypox is a double-stranded DNA virus with an envelope and is a member of the Poxviridae family's Orthopoxvirus genus. This virus can transmit from human to human through direct contact with respiratory secretions, infected animals and humans, or contaminated objects and causing mutations in the human body. In May 2022, several monkeypox affected cases were found in many countries. Because of its transmitting characteristics, on July 23, 2022, a nationwide public health emergency was proclaimed by WHO due to the monkeypox virus. This study analyzed the gene mutation rate that is collected from the most recent NCBI monkeypox dataset. The collected data is prepared to independently identify the nucleotide and codon mutation. Additionally, depending on the size and availability of the gene dataset, the computed mutation rate is split into three categories: Canada, Germany, and the rest of the world. In this study, the genome mutation rate of the monkeypox virus is predicted using a deep learning-based Long Short-Term Memory (LSTM) model and compared with Gated Recurrent Unit (GRU) model. The LSTM model shows "Root Mean Square Error" (RMSE) values of 0.09 and 0.08 for testing and training, respectively. Using this time series analysis method, the prospective mutation rate of the 50th patient has been predicted. Note that this is a new report on the monkeypox gene mutation. It is found that the nucleotide mutation rates are decreasing, and the balance between bi-directional rates are maintained.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».