Promise and limitations of 18S genetic screening of extracted fecal DNA from wild capuchins
Notice bibliographique
Résumé
Genomic screening of fecal DNA provides insight into diet, parasite infection dynamics, and other aspects of the ecology and pathogens of wild populations. Here, we amplify and sequence the V4/V5 regions of the eukaryotic 18S ribosomal RNA gene from fecal DNA of wild capuchin monkeys ( Cebus imitator ). We collected 94 fecal samples from 26 individuals, each sampled 1-4 times across a 19-month period and examined the eukaryotic diversity in 63 of these samples which had sufficient numbers and quality of reads during downstream analyses. We found a total of 234 distinct amplicon sequence variants (ASVs) classified as Eukaryotes in our samples. Of these, 66 were assigned to the phylum Nematoda. 64 ASVs are from taxa that possibly parasitize monkeys or their food items: 33 were assigned to lungworms (Superfamily Metastrongyloidae; genus Angiostrongylus ), two to the genus Strongyloides , and one to the genus Austrostrongylus . The remaining 28 ASVs were assigned to nematodes that likely parasitize plants and/or invertebrates that the monkeys consume. Taken together with past dietary and coprological study of the same primate population, our results suggest that invertebrate consumption and parasitic infection, especially by lungworms, is common and widespread among this population of wild monkeys. We also discuss limitations of our approach, including the amplification of off-target ASVs, and make suggestions for future research. Overall, 18S screening shows promise for identifying various components of the capuchin gastrointestinal eukaryotic ecosystem, including parasitic helminths, and its utility will increase with the improvement of genetic databases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».