MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4386153705 · doi:10.1093/hmg/ddad139

Identification of blood protein biomarkers associated with prostate cancer risk using genetic prediction models: analysis of over 140,000 subjects

2023· article· en· W4386153705 sur OpenAlexfundno aff
Hua Zhong, Jingjing Zhu, Shuai Liu, Dalia Ghoneim, Praveen Surendran, Tao Liu, Sarah Fahle, Adam S. Butterworth, Md Ashad Alam, Hong‐Wen Deng, Herbert Yu, Chong Wu, Lang Wu

Notice bibliographique

RevueHuman Molecular Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueProstate Cancer Treatment and Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesDivision of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer InstituteNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteNIHR Cambridge Biomedical Research CentreCancer Council VictoriaCanadian Institutes of Health ResearchVetenskapsrådetBreast Cancer Research FoundationBritish Heart FoundationNational Institute on AgingNHS Blood and TransplantNational Institute for Health and Care ResearchNational Institutes of HealthRosetrees TrustEuropean CommissionU.S. Department of DefensePancreatic Cancer UKProstate Cancer FoundationRoyal Marsden NHS Foundation TrustNational Cancer Research InstituteDepartment of Health and Social CareMedical Research CouncilSwedish Cancer FoundationProstate Cancer Foundation of AustraliaOvarian Cancer Research FundCancer Research InstituteNational Health and Medical Research CouncilNIHR BioResourceCancer Research UK
Mots-clésProstate cancerBiomarkerComputational biologyGeneBiomarker discoveryBiologyCancerBioinformaticsMedicineOncologyInternal medicineGeneticsProteomics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Prostate cancer (PCa) brings huge public health burden in men. A growing number of conventional observational studies report associations of multiple circulating proteins with PCa risk. However, the existing findings may be subject to incoherent biases of conventional epidemiologic studies. To better characterize their associations, herein, we evaluated associations of genetically predicted concentrations of plasma proteins with PCa risk. We developed comprehensive genetic prediction models for protein levels in plasma. After testing 1308 proteins in 79 194 cases and 61 112 controls of European ancestry included in the consortia of BPC3, CAPS, CRUK, PEGASUS, and PRACTICAL, 24 proteins showed significant associations with PCa risk, including 16 previously reported proteins and eight novel proteins. Of them, 14 proteins showed negative associations and 10 showed positive associations with PCa risk. For 18 of the identified proteins, potential functional somatic changes of encoding genes were detected in PCa patients in The Cancer Genome Atlas (TCGA). Genes encoding these proteins were significantly involved in cancer-related pathways. We further identified drugs targeting the identified proteins, which may serve as candidates for drug repurposing for treating PCa. In conclusion, this study identifies novel protein biomarker candidates for PCa risk, which may provide new perspectives on the etiology of PCa and improve its therapeutic strategies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,515
Score d'incertitude au seuil0,556

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,310
Écart entre enseignants0,281 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueHuman Molecular GeneticsMême sujetProstate Cancer Treatment and ResearchTravaux en français237 207