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Enregistrement W4386162349 · doi:10.1038/s41467-023-40838-1

Comparative genomic analyses reveal the genetic basis of the yellow-seed trait in Brassica napus

2023· article· en· W4386162349 sur OpenAlexaff
Cunmin Qu, Meichen Zhu, Ran Hu, Yongchao Niu, Si Chen, Huiyan Zhao, Chengxiang Li, Zhen Wang, Nengwen Yin, Fujun Sun, Zhiyou Chen, Shulin Shen, Guoxia Shang, Yan Zhou, Xingying Yan, Lijuan Wei, Liezhao Liu, Bin Yi, Jinmin Lian, Jiang Li, Zhanglin Tang, Ying Liang, Xinfu Xu, Rui Wang, Jiaming Yin, Huafang Wan, Hai Du, Wei Qian, Yourong Chai, Qingyuan Zhou, Yajun He, Silin Zhong, Xiao Qiu, Hao Yu, Hon‐Ming Lam, Kun Lu, Fuyou Fu, Jiana Li

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Gene Expression Analysis
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food CanadaUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesState Key Laboratory for AgrobiotechnologyCentre Scientifique et Technique du BâtimentNatural Science Foundation of ChongqingHigher Education Discipline Innovation ProjectShanxi Agricultural UniversityChinese Academy of Agricultural SciencesNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésBiologyBrassicaQuantitative trait locusRapeseedMYBTraitGeneticsAlleleFlavonoid biosynthesisGeneBotanyTranscriptomeTranscription factorGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Yellow-seed trait is a desirable breeding characteristic of rapeseed ( Brassica napus ) that could greatly improve seed oil yield and quality. However, the underlying mechanisms controlling this phenotype in B. napus plants are difficult to discern because of their complexity. Here, we assemble high-quality genomes of yellow-seeded (GH06) and black-seeded (ZY821). Combining in-depth fine mapping of a quantitative trait locus (QTL) for seed color with other omics data reveal BnA09MYB47a , encoding an R2R3-MYB-type transcription factor, as the causal gene of a major QTL controlling the yellow-seed trait. Functional studies show that sequence variation of BnA09MYB47a underlies the functional divergence between the yellow- and black-seeded B. napus . The black-seed allele BnA09MYB47a ZY821 , but not the yellow-seed allele BnA09MYB47a GH06 , promotes flavonoid biosynthesis by directly activating the expression of BnTT18 . Our discovery suggests a possible approach to breeding B. napus for improved commercial value and facilitates flavonoid biosynthesis studies in Brassica crops.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,735
Score d'incertitude au seuil0,314

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,044
Tête enseignante GPT0,356
Écart entre enseignants0,311 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations33
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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