Investigating Gene Expression of Bone-Marrow Derived Macrophages with GM-CSF Stimulation in vitro
Notice bibliographique
Résumé
Macrophages are specialized immune cells that play a crucial role in engulfing and destroying harmful pathogens and debris within the body. When stimulated with specific cytokines, macrophages transition into subtypes with specialized functions. For example, macrophages can differentiate into classically activated macrophages (M1) when stimulated with interferon-γ (IFN-γ ) and lipopolysaccharide (LPS). M1 macrophages are a subtype of activated macrophages that exhibit pro-inflammatory properties and are essential for combating infections and promoting tissue inflammation and repair. When macrophages are stimulated with another cytokine, known as Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor (GM-CSF), they tend to develop an M1-like phenotype. The altered gene expression that occurs when macrophages are cultured in GM-CSF remains a relatively unexplored area, with few studies having profiled this modified genotype of bone marrow-derived macrophages (BMDMs). This study aims to characterize the genotype of GM-CSF macrophages using an in vitro model as well as a genetic database. Expression data from M-CSF or GM-CSF BMDM was retrieved using microarrays, and differential gene analysis was performed using R studio. The analysis suggested an increase in pro-inflammatory gene expression in GM-CSF BMDMs compared to M-CSF-induced macrophages. The findings are reinforced by RT-PCR and qPCR analyses of specific key pro-inflammatory genes. For instance, interleukin-6 (IL-6), IL-1, as well as NLR family pyrin containing domain 3 (NLRP3) were all significantly upregulated in GM-CSF BMDMs. This project seeks to comprehensively characterize GM-CSF-induced macrophages as pro-inflammatory agents. Moreover, the cytokine's propensity to induce a pro-inflammatory response raises concerns about its applicability in treatment plans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».