Genome structure and population genomics of the canine heartworm Dirofilaria immitis
Notice bibliographique
Résumé
The heartworm, Dirofilaria immitis, is a filarial parasitic nematode responsible for significant morbidity and mortality in wild and domesticated canids. Resistance to macrocyclic lactone drug prevention represents a significant threat to parasite control and has prompted investigations to understand the genetic determinants of resistance. This study aimed to improve the genomic resources of D. immitis to enable a more precise understanding of how genetic variation is distributed within and between parasite populations worldwide, which will inform the likelihood and rate by which parasites, and in turn, resistant alleles, might spread. We have guided the scaffolding of a recently published genome assembly for D. immitis (ICBAS_JMDir_1.0) using the chromosomal-scale reference genomes of Brugia malayi and Onchocerca volvulus, resulting in an 89.5 Mb assembly composed of four autosomal- and one sex-linked chromosomal-scale scaffolds representing 99.7% of the genome. Publicly available and new whole-genome sequencing data from 32 D. immitis samples from Australia, Italy and the USA were assessed using principal component analysis, nucleotide diversity (Pi) and absolute genetic divergence (Dxy) to characterise the global genetic structure and measure within- and between-population diversity. These population genetic analyses revealed broad-scale genetic structure among globally diverse samples and differences in genetic diversity between populations; however, fine-scale subpopulation analysis was limited and biased by differences between sample types. Finally, we mapped single nucleotide polymorphisms previously associated with macrocyclic lactone resistance in the new genome assembly, revealing the physical linkage of high-priority variants on chromosome 3, and determined their frequency in the studied populations. This new chromosomal assembly for D. immitis now allows for a more precise investigation of selection on genome-wide genetic variation and will enhance our understanding of parasite transmission and the spread of genetic variants responsible for resistance to treatment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».