SFWN: A Novel Semi-Supervised Feature Weighted Neural Network for Gene Data Feature Learning and Mining With Graph Modeling
Notice bibliographique
Résumé
Gene expression data can serve for analyzing the genes with changed expressions, the correlation between genes and the influence of different circumstance on gene activities. However, labeling a large number of gene expression data is laborious and time-consuming. The insufficient labeled data pose a challenge to construct the deep learning model. Currently, some graph neural networks (GNN) based on semi-supervised learning mechanism only focus on the feature space and sample space of gene expression data, possibly affecting the accuracy. This article puts forward a novel semi-supervised graph neural network model (SFWN). Firstly, we use the external knowledge of gene expression data for constructing a feature graph, a similarity kernel, and a sample graph for the first time. Later, a novel semi-supervised learning algorithm (SGA) is proposed to extract the data relationship and obtain the global sample structure better. A graph sparse module (SGCN) is also proposed to process sparse representation with gene expression data classification. To overcome the over smoothing problem, a new feature calculation method based on two spaces is proposed to feature representation analysis and calculation in this model. According to a lot of experiments and ablation studies conducted on several public datasets, SFWN exhibits a better effect and is superior to the state-of-the-art approaches (the accuracy and F1-Score are 0.9993 and 0.9899, respectively). Experimental results showed that the proposed SFWN model has strong gene expression feature learning and representation ability, and may provide a new insight and tool for relevant disease diagnosis and clinic practice.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».