351. INVESTIGATING THE IMPACT OF INDUCTION CHEMOTHERAPY FOR ESOPHAGEAL ADENOCARCINOMA ON THE GUT MICROBIOME
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Esophageal adenocarcinoma (EAC) is a highly heterogeneous cancer with a current five-year survival rate of ~18%. To improve outcomes, understanding factors impacting treatment response is imperative. Gut microbiome signatures are one such factor and have been associated with response to immunotherapy and survival in several solid cancers. Thus, we aim to identify variations in gut microbiome signatures at different stages of treatment and elucidate the link of these signatures to treatment responses and patient outcomes. Methods Fecal samples were collected from 50 patients prior to induction and 18 during or post induction and stored at −20 ̊C before extracting DNA using the QIAamp DNA Mini Kit. Extracted DNA was quantified and 16S gene expression was confirmed by qPCR using primers targeting the V3-V4 region of the 16S gene, following which 16S rRNA sequencing was performed. FastQC, MultiQC and Cut Adapt were used for quality control of sequence data before assembly with vsearch. The resulting data was processed following the deblur pipeline. Taxonomy was assigned using Qiime2 classift-hybrid-vsearch-sklean function. Statistical comparison of diversity was conducted in R. Results Species diversity within individual samples, the alpha diversity, showed no significant difference between baseline and post-induction samples. Likewise, the comparison of diversity between samples, the beta diversity, showed no significant clustering on baseline compared to post-induction. On the genus level, there was no significant statistical difference between the normalized counts of individual genera shared between baseline and post-induction samples. Conclusion These preliminary results suggest that induction therapy has minimal impact upon species richness of the gut microbiome when compared to baseline as measured by fecal microbiome. Future directions of this project include examining the gut microbiome at further stages of treatment and investigating the microbiome of the tumour itself.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».