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Enregistrement W4386324607 · doi:10.1101/2023.08.29.555143

Sex- versus apomictic-specific polymorphisms in the 5’UTR of APOLLO from <i>Boechera</i> shift gene expression from somatic to reproductive tissues in <i>Arabidopsis</i>

2023· preprint· en· W4386324607 sur OpenAlexafffund
Maryam Honari, Joanne R. Ashnest, Timothy F. Sharbel

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Taxonomy and Phylogenetics
Établissements canadiensGlobal Institute for Water SecurityUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesUniversity of Saskatchewan
Mots-clésApomixisBiologyGeneticsGeneAlleleArabidopsisSomatic cellGenotypePloidyMutant

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Among candidate genes underlying the control components of apomixis, APOLLO is known for its strong linkage to apomeiosis in the genus Boechera . The gene has “apo-alleles”, which are characterized by a set of linked apomixis-specific polymorphisms, and “sex-alleles”. All apomictic□ Boechera genotypes are heterozygous for the apo/sex-alleles, while all sexual genotypes are homozygous for sex-alleles. In this study, native and synthetic APOLLO promoters were characterized by detecting the expression level of the β-glucuronidase (GUS) gene in Arabidopsis . Comparing various flower developmental stages in transgenic lines containing different constructs with 2 kb native transgenic lines revealed that changes to the APOLLO promoter causes shifts in tissue- and developmental-stage specificity of GUS expression. Importantly, several apomixis-specific polymorphisms in the 5’UTR change the timing and location of GUS activity from somatic to reproductive tissues. These synthetic data simulate a plausible evolutionary process whereby apomixis-specific gene activity can be achieved.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,321
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,041
Tête enseignante GPT0,219
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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