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Enregistrement W4386385327 · doi:10.1101/2023.08.30.555631

Colour-analyzer: A new dual colour model-based imaging tool to quantify plant disease

2023· preprint· en· W4386385327 sur OpenAlexafffund
Mackenzie Eli William Loranger, Winfield Yim, Vittorio Accomazzi, Nadia Morales Lizcano, Wolfgang Moeder, Keiko Yoshioka

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Pathogenic Bacteria Studies
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésHueSpectrum analyzerHSL and HSVRGB color modelPopulationPixelComputer scienceArtificial intelligenceBiologyMedicineImmunologyTelecommunications

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Despite major efforts over the last decades, the rising demands of the growing global population makes it of paramount importance to increase crop yields and reduce losses caused by plant pathogens. One way to tackle this is to screen novel resistant genotypes and immunity-inducing agents, which must be conducted in a high-throughput manner. Colour-analyzer is a free web-based tool that can be used to rapidly measure the formation of lesions on leaves. Pixel colour values are often used to distinguish infected from healthy tissues. Some programs employ colour models, such as RGB, HSV or L*a*b*. Colour-analyzer uses two colour models, utilizing both HSV ( Hue, Saturation, Value ) and L*a*b* values. We found that the a* b* values of the L*a*b* colour model provided the clearest distinction between infected and healthy tissue, while the H and S channels were best to distinguish the leaf area from the background. By combining the a* and b* channels to determine the lesion area, while using the H and S channels to determine the leaf area, Colour-analyzer provides highly accurate information on the size of the lesion as well as the percentage of infected tissue in a high throughput manner and can accelerate the plant immunity research field.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,942
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,190 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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