The expected loss of feature diversity (versus phylogenetic diversity) following rapid extinction at the present
Notice bibliographique
Résumé
The current rapid extinction of species leads not only to their loss but also the disappearance of the unique features they harbour, which have evolved along the branches of the underlying evolutionary tree. One proxy for estimating the feature diversity (FD) of a set S of species at the tips of a tree is 'phylogenetic diversity' (PD): the sum of the branch lengths of the subtree connecting the species in S. For a phylogenetic tree that evolves under a standard birth-death process, and which is then subject to a sudden extinction event at the present (the simple 'field of bullets' model with a survival probability of s per species) the proportion of the original PD that is retained after extinction at the present is known to converge quickly to a particular concave function [Formula: see text] as t grows. To investigate how the loss of FD mirrors the loss of PD for a birth-death tree, we model FD by assuming that distinct discrete features arise randomly and independently along the branches of the tree at rate r and are lost at a constant rate [Formula: see text]. We derive an exact mathematical expression for the ratio [Formula: see text] of the two expected feature diversities (prior to and following an extinction event at the present) as t becomes large. We find that although [Formula: see text] has a similar behaviour to [Formula: see text] (and coincides with it for [Formula: see text]), when [Formula: see text], [Formula: see text] is described by a function that is different from [Formula: see text]. We also derive an exact expression for the expected number of features that are present in precisely one extant species. Our paper begins by establishing some generic properties of FD in a more general (non-phylogenetic) setting and applies this to fixed trees, before considering the setting of random (birth-death) trees.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».