Immune-related transcriptomic and epigenetic reconfiguration in BV2 cells after LPS exposure: an in vitro omics integrative study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Molecular alterations affecting microglia activity have been consistently associated with the inflammatory response. These cells can have pro or anti-inflammatory activity, phenotypes thought to be heavily regulated by epigenetic mechanisms. Still, little is known about the details on how epigenetic marks regulate the expression of genes in the context of an inflammatory response. Methods Through CUT&RUN, we profiled four genome-wide histone marks (HM) (H3K4me1, H3K4me3, H3K27ac and H3K27me3) in lipopolysaccharide exposed-cells and compared their distributions to control cells. Transcriptomic profiles were determined through RNA-seq and differentially expressed genes were identified and contrasted with the epigenetic landscapes. Other downstream analyses were also included in this study. Results Our results illustrate an effectively induced M1 phenotype in microglial cells derived from LPS exposure. We observed differential bound regions associated with genes classically involved in the inflammatory response in the expected direction according to each histone modification. Consistently, our transcriptomic analysis yielded a conspicuous illustration of the LPS-induced immune activity showing the up-regulation of Nf-κB induced mRNAs (TNF-α, nfκbiz, nfκbia) and other important genes (Marco, Il-6, etc.). Furthermore, we integrated both omics profiles and identified an important reconfiguration of the genome induced by LPS. The latter was depicted by 8 different chromatin states that changed between conditions and that, associated with unique clusters of differentially expressed genes, not only represented regulatory elements, but also underlined distinct biological functions (inhibition of morphogenesis; changes in metabolism, homeostasis, and cytokine regulation; activation of the inflammatory response). Conclusion This study exhibits important differences in the distribution of histone modifications in treated and control BV2 cells, constituting an epigenetic reconfiguration that leads to the inflammatory response. Also, it highlights the importance of these marks' regulatory role in gene expression and provides possible targets for further studies in the context of inflammation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».