Evolutionary history and seascape genomics of Harbour porpoises (<i>Phocoena phocoena</i>) across environmental gradients in the North Atlantic and adjacent waters
Notice bibliographique
Résumé
The Harbour porpoise (Phocoena phocoena) is a highly mobile cetacean species primarily occurring in coastal and shelf waters across the Northern hemisphere. It inhabits heterogeneous seascapes broadly varying in salinity and temperature. Here, we produced 74 whole genomes at intermediate coverage to study Harbour porpoise's evolutionary history and investigate the role of local adaptation in the diversification into subspecies and populations. We identified ~6 million high quality SNPs sampled at eight localities across the North Atlantic and adjacent waters, which we used for population structure, demographic and genotype-environment association analyses. Our results suggest a genetic differentiation between three subspecies (P.p. relicta, P.p. phocoena and P.p. meridionalis), and three distinct populations within P.p. phocoena: Atlantic, Belt Sea and Proper Baltic Sea. Effective population size and Tajima's D suggest population contraction in Black Sea and Iberian porpoises, but expansion in the P.p. phocoena populations. Phylogenetic trees indicate post-glacial colonization from a southern refugium. Genotype-environment association analysis identified salinity as major driver in genomic variation and we identified candidate genes putatively underlying adaptation to different salinity. Our study highlights the value of whole genome resequencing to unravel subtle population structure in highly mobile species, shows how strong environmental gradients and local adaptation may lead to population differentiation, and how neutral and adaptive markers can give different perspectives on population subdivision. The results have great conservation implications as we found inbreeding and low genetic diversity in the endangered Black Sea subspecies and identified the critically endangered Proper Baltic Sea porpoises as a separate population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».