<i>Caenorhabditis elegans</i> <scp>LIN</scp> ‐24, a homolog of bacterial pore‐forming toxin, protects the host from microbial infection
Notice bibliographique
Résumé
Aerolysin-like pore-forming protein (af-PFP) superfamily members are double-edge swords that assist the bacterial infection but shied bacteria from the host by various mechanisms in some species including the toad Bombina maxima and zebrafish. While members of this family are widely expressed in all kingdoms, especially non-bacteria species, it remains unclear whether their anti-bacterial function is conserved. LIN-24 is an af-PFP that is constitutively expressed throughout the Caenorhabditis elegans lifespan. Here, we observed that LIN-24 knockdown reduced the maximum lifespan of worms. RNA-seq analysis identified 323 differentially expressed genes (DEGs) post-LIN-24 knockdown that were enriched in "immune response" and "lysosome pathway," suggesting a possible role for LIN-24 in resisting microbial infection. In line with this, we found that Pseudomonas aeruginosa 14 (PA14) infection induced LIN-24 expression, and that survival after PA14 infection was significantly reduced by LIN-24 knockdown. In contrast, LIN-24 overexpression (LIN-24-OE) conferred protection against PA14 infection, with worms showing longer survival time and reduced bacterial load. Weighted gene co-expression network analysis of LIN-24-OE worms showed that the highest correlation module was enriched in factors related to immunity and the defense response. Finally, by predicting transcription factors from RNA-seq data and knocking down candidate transcription factors in LIN-24-OE worms, we revealed that LIN-24 may protect worms against bacterial infection by stimulating DAF-16-mediated immune responses. These findings agree with our previous studies showing an anti-microbial role for the amphibian-derived af-PFP complex βγ-CAT, suggesting that af-PFPs may play a conserved role in combatting microbial infections. Further research is needed to determine the roles this protein family plays in other physio-pathological processes, such as metabolism, longevity, and aging.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».