Local G-quadruplexes are not a major determinant of altered gene expression in BLM-deficient cells
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Mutations in the Blm gene can cause Bloom Syndrome, a genetic disorder characterized by genome instability and cancer predisposition. Blm encodes a helicase which was reported to resolve G-quadruplex DNA structures in vitro . The G-quadruplex resolving activity of the BLM helicase has been previously implicated in altering gene expression. However, the exact mechanisms of how G-quadruplex structures may affect gene expression remain to be elucidated. We employed experimentally defined G-quadruplex forming DNA sequences and generated transcriptomes for several Bloom Syndrome patient-derived cell lines and BLM-deficient mouse embryonic stem cells to further investigate the effect of G-quadruplexes on gene expression. Our results do not support the previous findings that G-quadruplexes located within a gene play a major role in altering its expression in BLM-deficient cells. We found concerted large-scale changes in transcript abundance, splicing, nucleosome occupancy, and phasing, that cannot be linked to the local presence of G-quadruplex sequences in either gene bodies or promotors. The investigation of genomic features associated with large-scale differences in nucleosome density highlights the rDNA locus and active enhancers as the most strongly affected regions. We hypothesize that global changes in chromatin structure rather than local G4s might mediate the transcriptome changes in the absence of BLM.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».