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Enregistrement W4386640578 · doi:10.1101/2023.09.11.557250

Biological and Genetic Determinants of Glycolysis: Phosphofructokinase Isoforms Boost Energy Status of Stored Red Blood Cells and Transfusion Outcomes

2023· preprint· en· W4386640578 sur OpenAlexaff
Travis Nemkov, Daniel Stephenson, Eric J. Earley, Gregory R. Keele, Ariel Hay, Alicia Key, Zachary B. Haiman, Christopher Erickson, Monika Dzieciątkowska, Julie A. Reisz, Amy Moore, Mars Stone, Xutao Deng, Steven Kleinman, Steven L. Spitalnik, Eldad A. Hod, Krystalyn E. Hudson, Kirk C. Hansen, Bernhard Ø. Palsson, Gary A. Churchill, Nareg H. Roubinian, Philip J. Norris, Michael P. Busch, James C. Zimring, Grier P. Page, Angelo D’Alessandro

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBlood transfusion and management
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institutes of Health
Mots-clésPhosphofructokinaseGlycolysisGene isoformMedicineBiologyBiochemistryInternal medicineMetabolismGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Mature red blood cells (RBCs) lack mitochondria, and thus exclusively rely on glycolysis to generate adenosine triphosphate (ATP) during aging in vivo or storage in the blood bank. Here we leveraged 13,029 volunteers from the Recipient Epidemiology and Donor Evaluation Study to identify an association between end-of-storage levels of glycolytic metabolites and donor age, sex, and ancestry-specific genetic polymorphisms in regions encoding phosphofructokinase 1, platelet (detected in mature RBCs), hexokinase 1, ADP-ribosyl cyclase 1 and 2 (CD38/BST1). Gene-metabolite associations were validated in fresh and stored RBCs from 525 Diversity Outbred mice, and via multi-omics characterization of 1,929 samples from 643 human RBC units during storage. ATP and hypoxanthine levels - and the genetic traits linked to them - were associated with hemolysis in vitro and in vivo, both in healthy autologous transfusion recipients and in 5,816 critically ill patients receiving heterologous transfusions, suggesting their potential as markers to improve transfusion outcomes. Highlights: Blood donor age and sex affect glycolysis in stored RBCs from 13,029 volunteers;Ancestry, genetic polymorphisms in PFKP, HK1, CD38/BST1 influence RBC glycolysis;Modeled PFKP effects relate to preventing loss of the total AXP pool in stored RBCs;ATP and hypoxanthine are biomarkers of hemolysis in vitro and in vivo.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,228
Écart entre enseignants0,211 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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