eLife Assessment: C. difficile may be overdiagnosed in adults and is a prevalent commensal in infants
Notice bibliographique
Résumé
Clostridioides difficile is an urgent threat in hospital-acquired infections world-wide, yet the microbial composition associated with C. difficile, in particular in C. difficile infection (CDI) cases, remains poorly characterised. To investigate the gut microbiome composition in CDI patients, we analysed 534 metagenomes from 10 publicly available CDI study populations. We then tracked C. difficile on a global scale, screening 42,900 metagenomes from 253 public studies. Among the CDI cohorts, we detected C. difficile in only 30% of the stool samples from CDI patients. However, we found that multiple other toxigenic species capable of inducing CDI-like symptomatology were prevalent. In addition, the majority of the investigated studies did not adhere to the recommended guidelines for a correct CDI diagnosis.In the global survey, we found that C. difficile prevalence, abundance and biotic context were age-dependent. C. difficile is a rare taxon associated with reduced diversity in healthy adults, but common and associated with increased diversity in infants. We identified a group of species co-occurring with C. difficile exclusively in healthy infants, enriched in obligate anaerobes and in species typical of the healthy adult gut microbiome. C. difficile in healthy infants was therefore associated with multiple indicators of healthy gut microbiome maturation.Our analysis raises concerns about potential CDI overdiagnosis and suggests that C. difficile is an important commensal in infants and that its asymptomatic carriage in adults depends on microbial context.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,032 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,036 | 0,010 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».