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Enregistrement W4386687478 · doi:10.7554/elife.85867.sa2

Author response: Global diversity and antimicrobial resistance of typhoid fever pathogens: Insights from a meta-analysis of 13,000 Salmonella Typhi genomes

2023· peer-review· en· W4386687478 sur OpenAlexaff
Megan E. Carey, Zoe A. Dyson, Danielle J. Ingle, Afreenish Amir, Mabel Kamweli Aworh, Ka Lip Chew, John A. Crump, Nicholas Feasey, Benjamin P. Howden, Karen H. Keddy, Mailis Maes, Christopher M. Parry, Sandra Van Puyvelde, Hattie E. Webb, Ayorinde O. Afolayan, Anna P. Alexander, Shalini Anandan, Jason R. Andrews, Philip Ashton, Buddha Basnyat, Ashish Bavdekar, Isaac I. Bogoch, John D. Clemens, Késia Esther da Silva, Anuradha De, Joep de Ligt, Paula Díaz, Christiane Dolecek, Shanta Dutta, Marthie M. Ehlers, Louise Francois Watkins, Denise O. Garrett, Gauri Godbole, Melita A. Gordon, Andrew R. Greenhill, Chelsey Griffin, Madhu Gupta, René S. Hendriksen, Robert S. Heyderman, Yogesh Hooda, Juan Carlos Hormazábal, Odion O. Ikhimiukor, Junaid Iqbal, Jobin John Jacob, Claire Jenkins, Dasaratha Ramaiah Jinka, Jacob John, Gagandeep Kang, Abdoulie Kanteh, Arti Kapil, Abhilasha Karkey, Samuel Kariuki, Robert A. Kingsley, Roshine Mary Koshy, A.C. Lauer, Myron M. Levine, Ravikumar Kadahalli Lingegowda, Stephen P. Luby, Grant Mackenzie, Tapfumanei Mashe, Chisomo Msefula, Ankur Mutreja, Geetha Nagaraj, Savitha Nagaraj, Satheesh Nair, Take Naseri, Susana Nimarota-Brown, Elisabeth Njamkepo, Iruka N. Okeke, Sulochana Putli Bai Perumal, Andrew J. Pollard, Agila Kumari Pragasam, Firdausi Qadri, Farah Naz Qamar, Sadia Rahman, Savitra Rambocus, David A. Rasko, Pallab Ray, Roy M. Robins‐Browne, Temsunaro Rongsen‐Chandola, Jean Pierre Rutanga, Samir K. Saha, Senjuti Saha, Karnika Saigal, Mohammad Saiful Islam Sajib, Jessica C. Seidman, Jivan Shakya, Varun Shamanna, Jayanthi Shastri, Rajeev Shrestha, Sonia Sia, Michael J. Sikorski, Ashita Singh, Anthony M. Smith, Kaitlin A. Tagg, Dipesh Tamrakar, Arif Mohammad Tanmoy, Maria Thomas, Mathew S Thomas, Robert Thomsen, Nicholas R. Thomson, Siaosi Tupua, Krista Vaidya, Mary Valcanis, Balaji Veeraraghavan, François‐Xavier Weill, Jackie Wright, Gordon Dougan, Silvia Argimón, Jacqueline A. Keane, David M. Aanensen, Stephen Baker, Kathryn E. Holt

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typepeer-review
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSalmonella and Campylobacter epidemiology
Établissements canadiensInstitute of Infection and ImmunityUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTyphoid feverSalmonella typhiSalmonellaBiologyAntimicrobialAntibiotic resistanceGenomeDiversity (politics)VirologyMicrobiologyGeneticsBacteriaAntibioticsSociologyGeneAnthropology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

An analysis of the largest Salmonella Typhi genome collection to date (n=13,000) provides an updated overview of global genome diversity and antimicrobial resistance trends over time to inform public health action.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,012
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,092
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,110
Score d'incertitude au seuil0,366

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0120,092
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,003
Science ouverte0,0020,003
Intégrité de la recherche0,0060,005
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,1100,039

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,122
Tête enseignante GPT0,304
Écart entre enseignants0,182 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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