Identification of Soybean Germplasm and Associated Molecular Markers with Resistance to Fusarium graminearum
Notice bibliographique
Résumé
Soybean ranks second by total production of all crops grown in the United States. From surveys of soybean production regions in the US and Canada, seedling diseases have been consistently identified as one of the top five biotic limitations on yield for over two decades. The role of Fusarium graminearum as an aggressive member of this complex was unknown until relatively recently and, consequently, publicly and commercially available varieties with resistance to this pathogen are unavailable. To address the need for resistant germplasm and to improve our understanding of the genetic basis underlying the resistance, we screened a set of 208 accessions of soybean from the United States Department of Agriculture Soybean Germplasm Collection (USDA-SGC) under controlled greenhouse conditions. A ratio of the root weight of inoculated plants compared to mock-inoculated controls was used to evaluate the degree of resistance. A linear mixed model identified eight resistant accessions (PI 548311, PI 438500, PI 561318 A, PI 547690, PI 391577, PI 157484, PI 632418, and PI 70466 -3) with significantly higher resistance than the population mean. Previous genotyping publicly available through the SoyBase database was used in a genome-wide association study (GWAS) to determine single nucleotide polymorphism (SNP) markers associated with resistant and susceptible phenotypes. A total of five significant marker-trait associations (MTAs) were discovered on chromosomes Gm02, Gm03, Gm06, Gm07, and Gm13, each accounting for 4.8, 4.3, 3.8, 4.1, and 3.0% of the phenotypic variance, respectively. This study, thus, lays a foundation for the better dissection of germplasm resistant to F. graminearum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».