DNA methylation profiles in individuals with rare, atypical 7q11.23 CNVs correlate with GTF2I and GTF2IRD1 copy number
Notice bibliographique
Résumé
Williams-Beuren syndrome (WBS) and 7q11.23 duplication syndrome (Dup7) are rare neurodevelopmental disorders caused by deletion and duplication of a 1.5 Mb region that includes at least five genes with a known role in epigenetic regulation. We have shown that CNV of this chromosome segment causes dose-dependent, genome-wide changes in DNA methylation, but the specific genes driving these changes are unknown. We measured genome-wide whole blood DNA methylation in six participants with atypical CNV of 7q11.23 (three with deletions and three with duplications) using the Illumina HumanMethylation450k array and compared their profiles with those from groups of individuals with classic WBS or classic Dup7 and with typically developing (TD) controls. Across the top 1000 most variable positions we found that only the atypical rearrangements that changed the copy number of GTF2IRD1 and/or GTF2I (coding for the TFII-IRD1 and TFII-I proteins) clustered with their respective syndromic cohorts. This finding was supported by results from hierarchical clustering across a selection of differentially methylated CpGs, in addition to pyrosequencing validation. These findings suggest that CNV of the GTF2I genes at the telomeric end of the 7q11.23 interval is a key contributor to the large changes in DNA methylation that are seen in blood DNA from our WBS and Dup7 cohorts, compared to TD controls. Our findings suggest that members of the TFII-I protein family are involved in epigenetic processes that alter DNA methylation on a genome-wide level.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».