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Enregistrement W4386761802 · doi:10.1093/brain/awad301

<i>TRAPPC6B</i> biallelic variants cause a neurodevelopmental disorder with TRAPP II and trafficking disruptions

2023· article· en· W4386761802 sur OpenAlexaff
Hashem Almousa, Sara A. Lewis, Somayeh Bakhtiari, Sandra H. Nordlie, Alex M. Pagnozzi, Helen Magee, Stéphanie Efthymiou, Jennifer Heim, Patricia Cornejo, Maha S. Zaki, Najwa Anwar, Shazia Maqbool, Fatima Rahman, Derek Neilson, Anusha Vemuri, Sheng Chih Jin, Xiao‐Ru Yang, Abolfazl Heidari, Koen L.I. van Gassen, Aurélien Trimouille, Christel Thauvin‐Robinet, James Liu, Ange‐Line Bruel, Hoda Tomoum, Mennatallah Osama Shata, Mehran Beiraghi Toosi, Ehsan Ghayoor Karimiani, Gözde Yeşil, Lokesh Lingappa, Debangana Baruah, Farnoosh Ebrahimzadeh, Julien Van‐Gils, Laurence Faivre, Mina Zamani, Hamid Galehdari, Saeid Sadeghian, Gholamreza Shariati, Rahema Mohammad, Jasper J. van der Smagt, Alya Qari, John B. Vincent, A. Micheil Innes, Ali Dursun, Rıza Köksal Özgül, Halil Tuna Akar, Kaya Bilgüvar, Cyril Mignot, Boris Keren, Claudia Raveli, Lydie Bürglen, Alexandra Afenjar, Laura Donker Kaat, Marjon van Slegtenhorst, Fowzan S. Alkuraya, Henry Houlden, Sergio Padilla‐Lopez, Reza Maroofian, Michael Sacher, Michael C. Kruer

Notice bibliographique

RevueBrain · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular transport and secretion
Établissements canadiensMcGill UniversityCentre for Addiction and Mental HealthAlberta Children's HospitalUniversity of CalgaryConcordia University
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institutes of HealthCerebral Palsy AllianceCerebral Palsy Alliance Research Foundation
Mots-clésMissense mutationMicrocephalyIntellectual disabilityBiologyPhenotypeCorpus callosumNeuroscienceCerebellumGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Highly conserved transport protein particle (TRAPP) complexes regulate subcellular trafficking pathways. Accurate protein trafficking has been increasingly recognized to be critically important for normal development, particularly in the nervous system. Variants in most TRAPP complex subunits have been found to lead to neurodevelopmental disorders with diverse but overlapping phenotypes. We expand on limited prior reports on TRAPPC6B with detailed clinical and neuroradiologic assessments, and studies on mechanisms of disease, and new types of variants. We describe 29 additional patients from 18 independent families with biallelic variants in TRAPPC6B. We identified seven homozygous nonsense (n = 12 patients) and eight canonical splice-site variants (n = 17 patients). In addition, we identified one patient with compound heterozygous splice-site/missense variants with a milder phenotype and one patient with homozygous missense variants. Patients displayed non-progressive microcephaly, global developmental delay/intellectual disability, epilepsy and absent expressive language. Movement disorders including stereotypies, spasticity and dystonia were also observed. Brain imaging revealed reductions in cortex, cerebellum and corpus callosum size with frequent white matter hyperintensity. Volumetric measurements indicated globally diminished volume rather than specific regional losses. We identified a reduced rate of trafficking into the Golgi apparatus and Golgi fragmentation in patient-derived fibroblasts that was rescued by wild-type TRAPPC6B. Molecular studies revealed a weakened interaction between mutant TRAPPC6B (c.454C>T, p.Q152*) and its TRAPP binding partner TRAPPC3. Patient-derived fibroblasts from the TRAPPC6B (c.454C>T, p.Q152*) variant displayed reduced levels of TRAPPC6B as well as other TRAPP II complex-specific members (TRAPPC9 and TRAPPC10). Interestingly, the levels of the TRAPPC6B homologue TRAPPC6A were found to be elevated. Moreover, co-immunoprecipitation experiments showed that TRAPPC6A co-precipitates equally with TRAPP II and TRAPP III, while TRAPPC6B co-precipitates significantly more with TRAPP II, suggesting enrichment of the protein in the TRAPP II complex. This implies that variants in TRAPPC6B may preferentially affect TRAPP II functions compared to TRAPP III functions. Finally, we assessed phenotypes in a Drosophila TRAPPC6B-deficiency model. Neuronal TRAPPC6B knockdown impaired locomotion and led to wing posture defects, supporting a role for TRAPPC6B in neuromotor function. Our findings confirm the association of damaging biallelic TRAPPC6B variants with microcephaly, intellectual disability, language impairments, and epilepsy. A subset of patients also exhibited dystonia and/or spasticity with impaired ambulation. These features overlap with disorders arising from pathogenic variants in other TRAPP subunits, particularly components of the TRAPP II complex. These findings suggest that TRAPPC6B is essential for brain development and function, and TRAPP II complex activity may be particularly relevant for mediating this function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,979
Score d'incertitude au seuil0,424

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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