HLA-Based Banking of Human Induced Pluripotent Stem Cells in Saudi Arabia
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Human iPSCs’ derivation and use in clinical studies are transforming medicine. Yet, there is a high cost and long waiting time for autologous iPS-based cellular therapy, and the genetic engineering of hypo-immunogenic iPS cell lines is hampered with numerous hurdles. Therefore, it is increasingly interesting to create cell stocks based on HLA haplotype distribution in a given population. In this study, we assessed the potential of HLA-based iPS banking for the Saudi population. First, we analyzed the HLA database of the Saudi Stem Cell Donor Registry (SSCDR), which contains high-resolution HLA genotype data of 64,315 registered Saudi donors at the time of analysis. We found that only 13 iPS lines would be required to cover 30% of the Saudi population, 39 iPS lines would offer 50% coverage and 596 for more than 90% coverage. Next, As a proof-of-concept, we launched the first HLA-based banking of iPSCs in Saudi Arabia. Using clinically relevant methods, we generated the first iPSC line from a homozygous donor for the most common HLA haplotype in Saudi. The two generated clones expressed pluripotency markers, could be differentiated into all three germ layers, beating cardiomyocytes and neuronal progenitors. To ensure that our reprogramming method generates genetically stable iPSCs, we assessed the mutational burden in the generated clones and the original blood sample from which the iPSCs were derived using whole-genome sequencing. All detected variants were found in the original donor sample and were classified as benign according to current guidelines of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). This study sets a road map for introducing iPS-based cell therapy in the Kingdom of Saudi Arabia.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».