High-Throughput Short Sequence Typing Schemes for <i>Pseudomonas aeruginosa</i> and <i>Stenotrophomonas maltophilia</i> pure culture and environmental DNA
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Molecular typing techniques are employed to determine the genetic similarities between bacterial isolates. These methods primarily utilize specific genetic markers or analyze the complete genome sequence of pure bacterial cultures. However, the use of environmental DNA profiling to assess epidemiologic links between patients and their environment has not been explored in depth. This work reports on the development and validation of two High-Throughput Short Sequence Typing (HiSST) schemes targeting the opportunistic pathogens Pseudomonas aeruginosa and Stenotrophomonas maltophilia , along with a modified SM2I medium for specific isolation of S. maltophilia . Our HiSST schemes are based on four discriminative loci for each species and demonstrate high discrimination power, comparable to pairwise whole genomes comparison. Moreover, each scheme includes species-specific PCR primers, enabling precise differentiation from closely related taxa without the need for upstream culture-dependent methods. For example, the primers designed to target the bvgS locus allow to distinguish P. aeruginosa from the very closely related Pseudomonas paraeruginosa sp. nov. The selected loci included in the schemes for P. aeruginosa ( pheT , btuB , sdaA , bvgS ) and for S. maltophilia ( yvoA , glnG , ribA , tycC) , are within the range of 271 to 330 base pairs adapted to massive parallel amplicon sequencing technology. A R-based script implemented in the DADA2 pipeline was assembled to facilitate HiSST analysis for efficient and accurate genotyping of P. aeruginosa and S. maltophilia . The performance of both schemes was demonstrated through in-silico validations, assessments against reference culture collections, and a case study involving environmental samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».