Functional Insight into and Refinement of the Genomic Boundaries of the JARID2-Neurodevelopmental Disorder Episignature
Notice bibliographique
Résumé
JARID2 (Jumonji, AT-rich interactive domain 2) haploinsufficiency is associated with a clinically distinct neurodevelopmental syndrome. It is characterized by intellectual disability, developmental delay, autistic features, behavior abnormalities, cognitive impairment, hypotonia, and dysmorphic features. JARID2 acts as a transcriptional repressor protein that is involved in the regulation of histone methyltransferase complexes. JARID2 plays a role in the epigenetic machinery, and the associated syndrome has an identified DNA methylation episignature derived from sequence variants and intragenic deletions involving JARID2. For this study, our aim was to determine whether patients with larger deletions spanning beyond JARID2 present a similar DNA methylation episignature and to define the critical region involved in aberrant DNA methylation in 6p22–p24 microdeletions. We examined the DNA methylation profiles of peripheral blood from 56 control subjects, 13 patients with (likely) pathogenic JARID2 variants or patients carrying copy number variants, and three patients with JARID2 VUS variants. The analysis showed a distinct and strong differentiation between patients with (likely) pathogenic variants, both sequence and copy number, and controls. Using the identified episignature, we developed a binary model to classify patients with the JARID2-neurodevelopmental syndrome. DNA methylation analysis indicated that JARID2 is the driver gene for aberrant DNA methylation observed in 6p22–p24 microdeletions. In addition, we performed analysis of functional correlation of the JARID2 genome-wide methylation profile with the DNA methylation profiles of 56 additional neurodevelopmental disorders. To conclude, we refined the critical region for the presence of the JARID2 episignature in 6p22–p24 microdeletions and provide insight into the functional changes in the epigenome observed when regulation by JARID2 is lost.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».