Biallelic <i>SOX8</i> Variants Associated With Novel Syndrome With Myopathy, Skeletal Deformities, Intellectual Disability, and Ovarian Dysfunction
Notice bibliographique
Résumé
Background and Objectives The human genome contains ∼20,000 genes, each of which has its own set of complex regulatory systems to govern precise expression in each developmental stage and cell type. Here, we report a female patient with congenital weakness, respiratory failure, skeletal dysplasia, contractures, short stature, intellectual delay, respiratory failure, and amenorrhea who presented to Medical Genetics service with no known cause for her condition. Methods Whole-exome and whole-genome sequencing were conducted, as well as investigational functional studies to assess the effect of SOX8 variant. Results The patient was found to have biallelic SOX8 variants (NM_014587.3:c.422+5G>C; c.583dup p.(His195ProfsTer11)). SOX8 is a transcriptional regulator, which is predicted to be imprinted (expressed from only one parental allele), but this has not yet been confirmed. We provide evidence that while SOX8 was maternally expressed in adult-derived fibroblasts and lymphoblasts, it was biallelically expressed in other cell types and therefore suggest that biallelic variants are associated with this recessive condition. Functionally, we showed that the paternal variant had the capacity to affect mRNA splicing while the maternal variant resulted in low levels of a truncated protein, which showed decreased binding at and altered expression of SOX8 targets. Discussion Our findings associate SOX8 variants with this novel condition, highlight how complex genome regulation can complicate novel disease-gene identification, and provide insight into the molecular pathogenesis of this disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».