Within-host rates of insertion and deletion in the HIV-1 surface envelope glycoprotein
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Under selection by neutralizing antibodies, the HIV-1 envelope glycoprotein gp120 undergoes rapid evolution within hosts, particularly in regions encoding the five variable loops (V1-V5). Indel polymorphisms are abundant in these loops, where they can facilitate immune escape by modifying the length, composition and glycosylation profile of these structures. Here, we present a comparative analysis of within-host indel rates and characteristics within the variable regions of gp120. We analyzed a total of 3,437 HIV-1 gp120 sequences sampled longitudinally from 29 different individuals using coalescent models in BEAST. Next, we used Historian to reconstruct ancestral sequences from the resulting tree samples, and fit a Poisson generalized linear model to the distribution of indel events to estimate their rates in the five variable loops. Overall, the mean insertion and deletion rates were 1.6 × 10 − 3 and 2.5 × 10 − 3 / nt / year, respectively, with significant variation among loops. Insertions and deletions also followed similar length distributions, except for significantly longer indels in V1 and V4 and shorter indels in V5. Insertions in V1, V2, and V4 tended to create new N-linked glycosylation sites significantly more often than expected by chance, which is consistent with positive selection to alter glycosylation patterns.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».