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Enregistrement W4386964868 · doi:10.1101/2023.09.21.558834

Identification and targeting of microbial putrescine acetylation in bloodstream infections

2023· preprint· en· W4386964868 sur OpenAlexfundno aff
Jared R. Mayers, Jack Varon, Ruixuan Zhou, Martin Daniel-Ivad, Courtney Beaulieu, Amrisha Bholse, Nathaniel R. Glasser, F Lichtenauer, Julie Ng, Mayra Pinilla Vera, Curtis Huttenhower, Mark A. Perrella, Clary B. Clish, Sihai Dave Zhao, Rebecca M. Baron, Emily P. Balskus

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueAntimicrobial Peptides and Activities
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesDivision of ChemistryNational Heart, Lung, and Blood InstituteCanadian Institutes of Health ResearchNational Science Foundation
Mots-clésMicrobiologyBiologyContext (archaeology)In vivoIntracellularAntimicrobialAntibioticsMicrobial metabolismPathogenMetabolomicsBacteriaBioinformaticsBiochemistryBiotechnologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SUMMARY The growth of antimicrobial resistance (AMR) has highlighted an urgent need to identify bacterial pathogenic functions that may be targets for clinical intervention. Although severe bacterial infections profoundly alter host metabolism, prior studies have largely ignored alterations in microbial metabolism in this context. Performing metabolomics on patient and mouse plasma samples, we identify elevated levels of bacterially-derived N - acetylputrescine during gram-negative bloodstream infections (BSI), with higher levels associated with worse clinical outcomes. We discover that SpeG is the bacterial enzyme responsible for acetylating putrescine and show that blocking its activity reduces bacterial proliferation and slows pathogenesis. Reduction of SpeG activity enhances bacterial membrane permeability and results in increased intracellular accumulation of antibiotics, allowing us to overcome AMR of clinical isolates both in culture and in vivo. This study highlights how studying pathogen metabolism in the natural context of infection can reveal new therapeutic strategies for addressing challenging infections.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,205 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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