Cultivation and genomic characterization of novel and ubiquitous marine nitrite-oxidizing bacteria from the <i>Nitrospirales</i>
Notice bibliographique
Résumé
, and thus play vital roles in nitrogen and carbon cycling. Over the last decade, our understanding of their physiology has advanced through several new discoveries, such as alternative energy metabolisms and complete ammonia oxidizers (comammox Nitrospira). These findings mainly resulted from studies of terrestrial species, whereas less attention has been given to marine Nitrospirales. In this study, we cultured three new marine Nitrospirales enrichments and one isolate. Three of these four NOB represent new Nitrospira species while the fourth represents a novel genus. This fourth organism, tentatively named "Ca. Nitronereus thalassa", represents the first cultured member of a Nitrospirales lineage that encompasses both free-living and sponge-associated nitrite oxidizers, is highly abundant in the environment, and shows distinct habitat distribution patterns compared to the marine Nitrospira species. Partially explaining this, "Ca. Nitronereus thalassa" harbors a unique combination of genes involved in carbon fixation and respiration, suggesting differential adaptations to fluctuating oxygen concentrations. Furthermore, "Ca. Nitronereus thalassa" appears to have a more narrow substrate range compared to many other marine nitrite oxidizers, as it lacks the genomic potential to utilize formate, cyanate, and urea. Lastly, we show that the presumed marine Nitrospirales lineages are not restricted to oceanic and saline environments, as previously assumed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».