<scp>HLA</scp>‐haplotype redundancy and rareness in Canadian Blood Services' Stem Cell Registry and Cord Blood Bank: Novel metrics for optimizing utility
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The utility of unrelated donor registries that support allogeneic hematopoietic cell transplantation could be optimized through greater understanding of redundancy and rareness of HLA phenotypes. METHODS: HLA phenotype rareness was determined using known HLA haplotype frequencies. Donor redundancy was determined through pairwise comparison of donor HLA profiles within an inventory. RESULTS: Among 61,730 registrants in the Canadian Blood Services (CBS) Stem Cell Registry (SCR) with high resolution HLA typing at 5 loci, 6.6% of HLA phenotypes were redundant with variation across ethnic groups (8.3% of Caucasian phenotypes; 8% of Native American/First Nations, 4.4% of Asia-Pacific Islanders (API), 2.1% of Hispanic, 0.7% of African-American (AFA), and 4.5% of other ethnicities). A total of 18.5% of registrants had redundant HLA phenotypes with variation across ethnic groups. All 3716 cord blood units in the CBS's cord blood bank (CBB) had high resolution HLA typing at 5 loci and 202 units were redundant (5.4%) comprising 78 HLA phenotypes, with varying rareness. Repeated HLA phenotypes were from Caucasian donors (77%), multiple ethnicity (13%), API (9%), and AFA (1%). Registrants and CBUs with AFA ethnicity had the rarest phenotypes while Caucasian ethnicity was associated with the most common HLA phenotypes. CONCLUSIONS: Redundancy was greater in the SCR compared to the CBB and was most common with CAU ethnicity. Recruiting non-Caucasian registrants and continued cord blood banking should reduce redundancy. A sub-inventory of redundant donors and cord blood units could support new uses for donor-supported cellular therapies that do not require HLA matching.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,025 | 0,087 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,009 | 0,015 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».