Large-scale apple GWAS reveals <i>NAC18.1</i> as a master regulator of ripening traits
Notice bibliographique
Résumé
Apple quality traits such as fruit texture, sugar content, and firmness retention during storage are key targets for breeders. Understanding the genetic control of fruit quality traits can enable the development of genetic markers, useful for marker-assisted breeding of new apple cultivars. We made use of over 260,000 single nucleotide polymorphisms (SNPs) genotyped across 1,054 apple accessions from Canada's Apple Biodiversity Collection to perform genome-wide association for 21 fruit quality and phenology traits. We identified two loci on chromosome 15 and 16 associated with phenolic content and a locus on chromosome 10 associated with softening. In addition, we determined that allelic variation at the <italic>NAC18.1</italic> transcription factor was associated with numerous traits including harvest date, firmness at harvest, and firmness after storage. Our analyses suggest that <italic>NAC18.1</italic> independently acts as a high level regulator of multiple ripening related traits and we propose a model for the allelic effects at <italic>NAC18.1</italic> on apple ripening and softening.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».