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Enregistrement W4387040950 · doi:10.1073/pnas.2307093120

Structure of the <i>bc</i> <sub>1</sub> – <i>cbb</i> <sub>3</sub> respiratory supercomplex from <i>Pseudomonas aeruginosa</i>

2023· article· en· W4387040950 sur OpenAlexafffund
Justin M. Di Trani, Andreea A. Gheorghita, Madison Turner, Peter Brzezinski, Pia Ädelroth, Siavash Vahidi, P. Lynne Howell, John L. Rubinstein

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Genetics and Biotechnology
Établissements canadiensUniversity of GuelphUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick ChildrenNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Research ChairsCystic Fibrosis Canada
Mots-clésCytochromeElectron transport chainCytochrome cCoenzyme Q – cytochrome c reductaseCytochrome C1Respiratory chainHemeCytochrome bBiochemistryCytochrome b6f complexBiologyElectron transferChemiosmosisProtein subunitChemistryATP synthaseMitochondrionPhotochemistryEnzymeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Energy conversion by electron transport chains occurs through the sequential transfer of electrons between protein complexes and intermediate electron carriers, creating the proton motive force that enables ATP synthesis and membrane transport. These protein complexes can also form higher order assemblies known as respiratory supercomplexes (SCs). The electron transport chain of the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa is closely linked with its ability to invade host tissue, tolerate harsh conditions, and resist antibiotics but is poorly characterized. Here, we determine the structure of a P. aeruginosa SC that forms between the quinol:cytochrome c oxidoreductase (cytochrome bc 1 ) and one of the organism’s terminal oxidases, cytochrome cbb 3 , which is found only in some bacteria. Remarkably, the SC structure also includes two intermediate electron carriers: a diheme cytochrome c 4 and a single heme cytochrome c 5 . Together, these proteins allow electron transfer from ubiquinol in cytochrome bc 1 to oxygen in cytochrome cbb 3 . We also present evidence that different isoforms of cytochrome cbb 3 can participate in formation of this SC without changing the overall SC architecture. Incorporating these different subunit isoforms into the SC would allow the bacterium to adapt to different environmental conditions. Bioinformatic analysis focusing on structural motifs in the SC suggests that cytochrome bc 1 – cbb 3 SCs also exist in other bacterial pathogens.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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