Monitoring the Spread of Grapevine Viruses in Vineyards of Contrasting Agronomic Practices: A Metagenomic Investigation
Notice bibliographique
Résumé
This study investigated the transmission of grapevine viruses, specifically grapevine red blotch virus (GRBV) and grapevine Pinot gris virus (GPGV), in vineyards in Niagara Region, Ontario, Canada. Forty sentinel vines that were confirmed free of GRBV and GPGV by both high-throughput sequencing (HTS) and endpoint polymerase chain reaction (PCR) were introduced to two vineyards (one organic and one conventional) that were heavily infected with both GRBV and GPGV. Four months post-introduction, the sentinel vines were relocated to a phytotron. The HTS results from 15 months post-introduction revealed a widespread infection of GPGV among the sentinel vines but did not detect any GRBV. The GPGV infection rate of sentinel vines in the organic vineyard (13/18) was higher than in the conventional vineyard (1/19). The possibility of an alternative viral reservoir was assessed by testing the most abundant plants in between rows (Medicago sativa, Trifolium repens, Cirsium arvense and Taraxacum officinale), perennial plants in border areas (Fraxinus americana, Ulmus americana, Rhamnus cathartica) and wild grape (unknown Vitis sp.). The HTS result showed that cover crops and perennial plants did not harbor any grapevine viruses, while 4/5 wild grapes tested positive for GPGV but not GRBV. A pairwise sequence identity analysis revealed high similarities between the GPGV isolates found in the established vines on the vineyard and the newly contracted GPGV isolates in the sentinel vines, implicating a recent transmission event. This work provides novel insights into the spread of grapevine viruses in Niagara Region and is also the first direct proof of the spread of GPGV in natural vineyard conditions in North America.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».