Autophagy-dependent alternative splicing event produces a more stable ribosomal protein S24 isoform that aids in hypoxic cell survival
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Overlapping or convergent stress-activated molecular pathways exist to coordinate cell fate in response to stimuli such as hypoxia, oxidative stress, DNA damage, and unfolded proteins. Cells can remodel the splicing and translation machineries to mount a specialized gene expression response to certain stresses. Here, we show that hypoxic human cells in 2D and 3D culture models increase the relative abundance by 1.7- to 2.6-fold and 4.7- to 11.5-fold, respectively, of a longer mRNA variant of ribosomal protein S24 (RPS24L) compared to a shorter mRNA variant (RPS24S) by favoring the inclusion of a 22 bp cassette exon. Mechanistically, RPS24L and RPS24S are induced and repressed, respectively, by distinct parallel pathways in hypoxia: RPS24L is induced in an autophagy-dependent manner, while RPS24S is reduced by mTORC1 repression and in a HIF-dependent manner. RPS24L is a more stable mRNA in hypoxia and produces a more stable protein isoform compared to RPS24S. Cells overexpressing RPS24L display improved survival and growth in hypoxia relative to control cells and cells overexpressing RPS24S, which display impaired survival. Previous work from our group showed a correlation between RPS24L levels and tumor hypoxia in prostate cancer. These data highlight RPS24L as a stress-induced alternative splicing event that favors hypoxic cell survival, which could be exploited by cancer cells in the tumor microenvironment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».