Persistence is key: unresolved immune dysfunction is lethal in both COVID-19 and non-COVID-19 sepsis
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Severe COVID-19 and non-COVID-19 pulmonary sepsis share pathophysiological, immunological, and clinical features, suggesting that severe COVID-19 is a form of viral sepsis. Our objective was to identify shared gene expression trajectories strongly associated with eventual mortality between severe COVID-19 patients and contemporaneous non-COVID-19 sepsis patients in the intensive care unit (ICU) for potential therapeutic implications. Methods: Whole blood was drawn from 20 COVID-19 patients and 22 non-COVID-19 adult sepsis patients at two timepoints: ICU admission and approximately a week later. RNA-Seq was performed on whole blood to identify differentially expressed genes and significantly enriched pathways. Using systems biology methods, drug candidates targeting key genes in the pathophysiology of COVID-19 and sepsis were identified. Results: When compared to survivors, non-survivors (irrespective of COVID-19 status) had 3.6-fold more "persistent" genes (genes that stayed up/downregulated at both timepoints) (4,289 vs. 1,186 genes); these included persistently downregulated genes in T-cell signaling and persistently upregulated genes in select innate immune and metabolic pathways, indicating unresolved immune dysfunction in non-survivors, while resolution of these processes occurred in survivors. These findings of persistence were further confirmed using two publicly available datasets of COVID-19 and sepsis patients. Systems biology methods identified multiple immunomodulatory drug candidates that could target this persistent immune dysfunction, which could be repurposed for possible therapeutic use in both COVID-19 and sepsis. Discussion: Transcriptional evidence of persistent immune dysfunction was associated with 28-day mortality in both COVID-19 and non-COVID-19 septic patients. These findings highlight the opportunity for mitigating common mechanisms of immune dysfunction with immunomodulatory therapies for both diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».