Taxonomic composition and carbohydrate-active enzyme content in microbial enrichments from pulp mill anaerobic granules after cultivation on lignocellulosic substrates
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Notice bibliographique
Résumé
Metagenomes of lignocellulose-degrading microbial communities are reservoirs of carbohydrate-active enzymes relevant to biomass processing. Whereas several metagenomes of natural digestive systems have been sequenced, the current study analyses metagenomes originating from an industrial anaerobic digester that processes effluent from a cellulose pulp mill. Both 16S ribosomal DNA and metagenome sequences were obtained following anaerobic cultivation of the digester inoculum on cellulose and pretreated (steam exploded) poplar wood chips. The community composition and profile of predicted carbohydrate-active enzymes were then analyzed in detail. Recognized lignocellulose degraders were abundant in the resulting cultures, including populations belonging to Clostridiales and Bacteroidales orders. Poorly defined taxonomic lineages previously identified in other lignocellulose-degrading communities were also detected, including the uncultivated Firmicutes lineage OPB54 which represented nearly 10% of the cellulose-fed enrichment even though it was not detected in the bioreactor inoculum. In total, 3580 genes encoding carbohydrate-active enzymes were identified through metagenome sequencing. Similar to earlier enrichments of animal digestive systems, the profile encoded by the bioreactor inoculum following enrichment on pretreated wood was distinguished from the cellulose counterpart by a higher occurrence of enzymes predicted to act on pectin. The majority (> 93%) of carbohydrate-active enzymes predicted to act on plant polysaccharides were identified in the metagenome assembled genomes, permitting taxonomic assignment. The taxonomic assignment revealed that only a small selection of organisms directly participates in plant polysaccharide deconstruction and supports the rest of the community.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle