Unfavorable transcriptome profiles and social disadvantage in hematopoietic cell transplantation: a CIBMTR analysis
Notice bibliographique
Résumé
Patient-reported outcomes (PROs) capture subjective social determinants of health (SDOHs), which can affect health outcomes through the stress response pathway. The conserved transcriptional response to adversity (CTRA) is a stress-mediated proinflammatory transcriptomic pattern that has been linked to adverse hematopoietic cell transplant (HCT) outcomes. This study examined the association of pretransplant CTRA with patient-reported SDOHs in allogeneic HCT recipients. In this cross-sectional study, pre-HCT SDOH-related PROs included the 36-Item Short Form Health Survey and the Functional Assessment of Cancer Therapy-Bone Marrow Transplant (FACT-BMT). CTRA was assessed by RNA sequencing of whole blood specimens, with mixed effects linear regression models relating CTRA expression to PRO scores while controlling for age, sex, race, disease, and performance status. Among 121 patients, the median age was 54 years, 42% were female, and 91% were White. CTRA was elevated in participants reporting lower scores on the FACT-BMT (P = .003), including the general (P = .003) and BMT-specific (P = .014) components. Effects were driven by the social well-being domain (P = .0001). This corresponded to an 8% to 15% difference in CTRA RNA expression across a 4 standard deviation range in patient-reported SDOHs. Ancillary bioinformatics analyses confirmed the association of well-being with reduced proinflammatory transcription pathway activity [cyclic AMP response element-binding protein, (CREB), NF-κB, and activating protein-1 (AP-1)]. In conclusion, HCT-treated patients who experience unfavorable social conditions show elevated CTRA expression in pretransplant blood samples. These data highlight the biologic sequelae of social well-being and community context and suggest a potential molecular mechanism for the impact of social gradients in HCT outcomes. Targeting this pathway could optimize outcomes in this high-risk population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».