Investigating the Aryl Hydrocarbon Receptor Agonist/Antagonist Conformational Switch using Well-Tempered Metadynamics Simulations input and output files
Notice bibliographique
Résumé
The MD simulation data for the research article: - Investigating the Aryl Hydrocarbon Receptor Agonist/Antagonist Conformational Switch using Well-Tempered Metadynamics Simulations Standard_md_files-GAFF.zip: The Standard_md folder comprises the initial conformations and prepared system files for both apo proteins and ligand-protein complexes. It also includes all topology files and coordinate files (.prmtop & .rst7) required for each system. Amber_md_input.zip: The Amber_input folder encompasses a comprehensive set of input files for the Amber to run molecular dynamics (MD) simulations. This includes the following stages: minimization (min_fix.in), heating (heat_fix.in), equilibration (equ1.in to equ5.in), and production (MD1.in to MD20.in) simulations, allowing for up to 1000 ns of MD simulations for both apo proteins and ligand-protein complexes. The package also contains the MD job run script and tleap script for preparing solvated system. Gromac_plumed_input.zip: The Gromac_plumed_input package provides a suite of input files specifically designed for Gromacs simulations coupled with Plumed. It includes essential input files for various steps, such as minimization(minimization.mdp), NVT (constant number of particles, volume, and temperature) equilibration, NPT (constant number of particles, pressure, and temperature) equilibration (equilibration.mdp &equilibration_2.mdp), and production simulations (dynamic.mdp), extending up to 600 ns. Each step has the corresponding tpr file, while the Plumed simulations utilize the plumed.dat file as the input for conducting well-tempered metadynamics (WTE-metad) simulations to 1 microsecond. Also, it contains gromacs topology and coordinate files (.gro & .top) for each system. GAFF2_input.zip: The GAFF2_input file contains the initial conformations and prepared system files for both ligand-protein complexes after ligands are parametrized via GAFF2. It also includes all topology files and coordinate files (.prmtop & .rst7) required for each system. CGenFF_input.zip: CGenFF_input folder encompasses the initial conformations and prepared system files for both ligand-protein complexes after ligands are parametrized via CGenFF. It also includes all topology files and coordinate files (.top & .gro) required for each system and files need to run the simulations. GROMACS input parameters.zip: It has input files to run minimization(minimization.mdp), NVT (constant number of particles, volume, and temperature) equilibration, NPT (constant number of particles, pressure, and temperature) equilibration (equilibration.mdp &equilibration_2.mdp), and production simulations (dynamic.mdp), extending up to 1000 ns.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,175 | 0,030 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».