Boring Bivalves: Using Molecular Phylogenetics to Resolve Species Identities in Botula (Mytilidae)
Notice bibliographique
Résumé
Based on morphological examination of rock-, shell-, and coral-boring bivalves in the marine genus Botula, Wilson and Tait (1984) concluded that this genus comprised a single Recent species, Botula fusca (Gmelin, 1791), with a pan-tropical distribution spanning the western Atlantic, Pacific, and Indian Oceans. Variation in shell colour, habitat, depth, and anatomy were determined to reflect variation within this one species. In a subsequent review of Recent and fossil Botula, Kleemann (2007) expressed doubts about a monotypic Botula given “striking morphological differences” between several described species, advocating for the study of soft tissues and application of molecular tools to help resolve species identities. Here, for the first time, we have undertaken a molecular phylogenetic approach to explore species-level relationships within the genus Botula. Our taxon sampling included freshly collected specimens from the Florida Keys National Marine Sanctuary in the context of ongoing research into bioeroding bivalves at reef restoration sites, in addition to previous collections from the western Atlantic, Pacific, and Indian Oceans available at the Florida Museum of Natural History and the Santa Barbara Museum of Natural History. Based on analyses of mitochondrial (COI and 16S rRNA) and nuclear (H3 and 28S rRNA) genes, the genus Botula appears to be monophyletic, with the contentious species currently classified as Leiosolenus kleemanni (Valentich-Scott, 2008) falling within Botula rather than Leiosolenus. High levels of sequence differentiation among samples in this study, including ones previously identified as “Botula silicula”, Botula cinnamomea, “Leiosolenus” kleemanni, and Botula fusca, supported them as distinct species. Our phylogenetic analyses also identified a potential cryptic species within western Atlantic Botula fusca. Increased knowledge of diversity within the genus Botula should lead to a more accurate understanding of the role of these bioeroding species in reef ecosystems.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».