Parallel nonfunctionalization of CK1δ/ε kinase ohnologs following a whole-genome duplication event
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Whole genome duplication (WGD) followed by speciation allows us to examine the parallel evolution of ohnolog pairs. In the yeast family Saccharomycetaceae , HRR25 is a rare case of repeated ohnolog maintenance. This gene has reverted to a single copy in S. cerevisiae where it is now essential, but has been maintained as pairs in at least 7 species post WGD. In S. cerevisiae , HRR25 encodes the casein kinase (CK) 1δ/ε and plays a role in a variety of functions through its kinase activity and protein-protein interactions (PPIs). We hypothesized that the maintenance of duplicated HRR25 ohnologs could be a result of repeated subfunctionalization. We tested this hypothesis through a functional complementation assay in S. cerevisiae , testing all pairwise combinations of 25 orthologs (including 7 ohnolog pairs). Contrary to our expectations, we observed no cases of pair-dependent complementation, which would have supported the subfunctionalization hypothesis. Instead, most post-WGD species have one ohnolog that failed to complement, suggesting their nonfunctionalization or neofunctionalization. The ohnologs incapable of complementation have undergone more rapid protein evolution, lost most PPIs that were observed for their functional counterparts and singletons from post and non-WGD species, and have non-conserved cellular localization, consistent with their ongoing loss of function. The analysis in N. castelli shows that the non-complementing ohnolog is expressed at a lower level and has become non-essential. Taken together, our results indicate that HRR25 orthologs are undergoing gradual nonfunctionalization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».