Whole genome sequencing of increased number of azithromycin-resistant Shigella flexneri 1b isolates in Ontario
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Azithromycin (AZM) resistance among Shigella is a major public health concern. Here, we investigated the epidemiology of Shigella flexneri serotype 1b recovered during 2016–2018 in Ontario, to describe the prevalence and spread of AZM resistance. We found that 72.3% (47/65) of cases were AZM–resistant (AZMR), of which 95.7% (45/47) were among males (P < 0.001). Whole-genome based phylogenetic analysis showed three major clusters, and 56.9% of isolates grouped within a single closely-related cluster (0–10 ∆SNP). A single AZMR clonal population was persistent over 3 years and involved 67.9% (36/53) of all male cases, and none reported international travel. In 2018, a different AZMR cluster appeared among adult males not reporting travel. A proportion of isolates (10.7%) with reduced susceptibility to ciprofloxacin (CIP) due to S83L mutation in gyrA were AZM susceptible, and 71.4% reported international travel. Resistance to AZM was due to the acquisition of mph gene-bearing incFII plasmids having > 95% nucleotide similarity to pKSR100. Plasmid-borne resistance limiting treatment options to AZM, ceftriaxone (CRO) and CIP was noted in a single isolate. We characterized AZMR isolates circulating locally among males and found that genomic analysis can support targeted prevention and mitigation strategies against antimicrobial-resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».