Effects of Solvent Evaporation Methods and Short-Term Room Temperature Storage on High-Coverage Cellular Metabolome Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Cellular metabolomics provides insights into the metabolic processes occurring within cells and can help researchers understand how these processes are regulated and how they relate to cellular function, health, and disease. In this technical note, we investigated the effects of solvent evaporation equipment and storage condition on high-coverage cellular metabolomics. We previously introduced a robust CIL LC-MS-based cellular metabolomics workflow that encompasses various steps, including cell harvest, metabolic quenching, cell lysis, metabolite extraction, differential chemical isotope labeling, and LC-MS analysis. This workflow has consistently served as the cornerstone of our collaborative research and service projects. As a core facility catering to users with diverse research needs and financial resources, we have encountered scenarios requiring short-term sample storage. For example, the need often arises to transport samples at room temperature from user sites to our core facility. Herein, we present a study in which we compared different solvent evaporation methods (specifically, the nitrogen blowdown evaporator, SpeedVac concentrator, and lyophilizer) and diverse storage conditions (including dried samples stored in a freezer, samples stored in a freezer with methanol, dried samples stored at room temperature, and samples stored at room temperature with methanol). Our findings indicate that the choice of solvent evaporation equipment did not significantly impact the cellular metabolome. However, we observed a noteworthy change in the metabolome after 7 days of storage when cells were stored with methanol, regardless of whether they were kept at -80 °C or room temperature, in contrast to cells that were dried and frozen. Importantly, we detected no significant alterations in cells that were dried and stored at room temperature. In conclusion, to ensure the production of high-quality CIL LC-MS metabolomics results, we strongly recommend that, in situations where low-temperature storage is not feasible, cell samples should be thoroughly dried before storage or shipment at room temperature.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».