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Enregistrement W4387376978 · doi:10.1016/j.ajhg.2023.08.014

Current and new frontiers in hereditary cancer surveillance: Opportunities for liquid biopsy

2023· review· en· W4387376978 sur OpenAlexafffundabout
Kirsten M. Farncombe, Derek Wong, Maia Norman, Leslie E. Oldfield, Julia A. Sobotka, Mark Basik, Yvonne Bombard, Victoria Carile, Lesa Dawson, William D. Foulkes, David Malkin, Aly Karsan, Patricia C. Parkin, Lynette S. Penney, Aaron Pollett, Kasmintan A. Schrader, Trevor J. Pugh, Raymond H. Kim, Adriana Aguilar‐Mahecha, Melyssa Aronson, Nancy N. Baxter, Phil Bedard, Hal K. Berman, Marcus Q. Bernardini, Clarissa Chan, Tulin Cil, Blaise Clarke, Irfan Dhalla, Christine Elser, Gabrielle Ene, Sarah E. Ferguson, Laura Genge, Robert Gryfe, Michelle Jacobson, Monika Kastner, Pardeep Kaurah, Josiane Lafleur, Jordan Lerner‐Ellis, Stéphanie Lheureux, Shelley M. MacDonald, Jeanna McCuaig, Brian Mckee, Nicole Mittmann, Seema Panchal, Carolyn Piccinin, Dean A. Regier, Zoulikha Rezoug, Krista Rideout, Kara Semotiuk, Sara Singh, Lillian L. Siu, Sophie Sun, Emily Thain, Karin Wallace, Thomas R. Ward, Shelley Westergard, Stacy Whittle, Wei Xu, Celeste Yu

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Human Genetics · 2023
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensSinai Health SystemUniversity of British ColumbiaDalhousie UniversityHospital for Sick ChildrenJewish General HospitalSt. Michael's HospitalMount Sinai HospitalPrincess Margaret Cancer CentreSickKids FoundationUniversity of TorontoUniversity Health NetworkToronto General HospitalMcGill UniversityMemorial University of NewfoundlandOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesSharks FoundationCanadian Institutes of Health ResearchFDC FoundationCanada Research ChairsUniversity of TorontoCanadian Cancer SocietyGarron Family Cancer CentreCanadian Imperial Bank of CommerceChildren's Tumor FoundationOntario Institute for Cancer ResearchPrincess Margaret Cancer FoundationTerry Fox Research Institute
Mots-clésMedicineCancerLynch syndromeLi–Fraumeni syndromeLiquid biopsyGenetic testingMLH1Cancer screeningOncologyGermline mutationInternal medicineGeneticsMutationBiologyDNA mismatch repairGeneColorectal cancer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

At least 5% of cancer diagnoses are attributed to a causal pathogenic or likely pathogenic germline genetic variant (hereditary cancer syndrome-HCS). These individuals are burdened with lifelong surveillance monitoring organs for a wide spectrum of cancers. This is associated with substantial uncertainty and anxiety in the time between screening tests and while the individuals are awaiting results. Cell-free DNA (cfDNA) sequencing has recently shown potential as a non-invasive strategy for monitoring cancer. There is an opportunity for high-yield cancer early detection in HCS. To assess clinical validity of cfDNA in individuals with HCS, representatives from eight genetics centers from across Canada founded the CHARM (cfDNA in Hereditary and High-Risk Malignancies) Consortium in 2017. In this perspective, we discuss operationalization of this consortium and early data emerging from the most common and well-characterized HCSs: hereditary breast and ovarian cancer, Lynch syndrome, Li-Fraumeni syndrome, and Neurofibromatosis type 1. We identify opportunities for the incorporation of cfDNA sequencing into surveillance protocols; these opportunities are backed by examples of earlier cancer detection efficacy in HCSs from the CHARM Consortium. We seek to establish a paradigm shift in early cancer surveillance in individuals with HCSs, away from highly centralized, regimented medical screening visits and toward more accessible, frequent, and proactive care for these high-risk individuals.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,963
Score d'incertitude au seuil0,849

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,094
Tête enseignante GPT0,362
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2023
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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