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Enregistrement W4387379159 · doi:10.1021/acs.jctc.3c00547

Martini 3 Coarse-Grained Force Field for Cholesterol

2023· article· en· W4387379159 sur OpenAlex
Luís Borges-Araújo, Ana C. Borges-Araújo, Tuǧba N. Öztürk, Daniel P. Ramirez-Echemendía, Balázs Fábián, Timothy S. Carpenter, Sebastian Thallmair, Jonathan Barnoud, Helgi I. Ingólfsson, Gerhard Hummer, D. Peter Tieleman, ‪Siewert J. Marrink, Paulo C. T. Souza, Manuel N. Melo

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueJournal of Chemical Theory and Computation · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLipid Membrane Structure and Behavior
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesLawrence Livermore National LaboratoryLaboratory Directed Research and DevelopmentNational Supercomputing Center, Korea Institute of Science and Technology InformationFundação para a Ciência e a TecnologiaEuropean Research CouncilDr. Rolf M. Schwiete StiftungUniversidade de Santiago de CompostelaAlfons und Gertrud Kassel-StiftungAlliance de recherche numérique du CanadaCentre National de la Recherche ScientifiqueMax-Planck-GesellschaftUniversidade Nova de LisboaHessisches Ministerium für Wissenschaft und KunstDirectorate for Biological SciencesCanada Research ChairsRijksuniversiteit GroningenUniversity of BristolInstituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de LisboaNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaGrand Équipement National De Calcul IntensifUniversité de LyonAlexander von Humboldt-StiftungU.S. Department of Energy
Mots-clésRigidity (electromagnetism)Force field (fiction)CholesterolComputer scienceForce balanceNanotechnologyPermeability (electromagnetism)ChemistryMaterials scienceMembraneMechanicsComposite materialPhysicsArtificial intelligenceBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cholesterol plays a crucial role in biomembranes by regulating various properties, such as fluidity, rigidity, permeability, and organization of lipid bilayers. The latest version of the Martini model, Martini 3, offers significant improvements in interaction balance, molecular packing, and inclusion of new bead types and sizes. However, the release of the new model resulted in the need to reparameterize many core molecules, including cholesterol. Here, we describe the development and validation of a Martini 3 cholesterol model, addressing issues related to its bonded setup, shape, volume, and hydrophobicity. The proposed model mitigates some limitations of its Martini 2 predecessor while maintaining or improving the overall behavior.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,019
Score d'incertitude au seuil0,182

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,290
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle